Eén maal per jaar vindt de Algemene Ledenvergadering plaats (meestal gekoppeld aan een verenigingsactiviteit), waarin het bestuur verantwoording aflegt over het gevoerde beleid en belangrijke plannen en voorstellen voor het volgende jaar aan de orde stelt.
Het adviesorgaan, de VVM-raad, bestaat uit afgevaardigden van ieder sectiebestuur en medewerkers van het verenigingsbureau. Het doel van de raad is om het contact tussen de secties onderling en het contact tussen de secties en het bestuur te waarborgen. Daarnaast is deze raad een belangrijk adviesorgaan voor het bestuur. Omdat de VVM-raad adviesorgaan voor het bestuur is, zijn bestuursleden geen onderdeel van de VVM-raad. Zij zijn natuurlijk wel aanwezig op de bijeenkomsten van de VVM-raad, om het advies te ontvangen. De vergaderingen hebben het karakter van werkbijeenkomsten en vinden tweemaal per jaar plaats.
De VVM wordt bestuurd door het VVM-bestuur, met naast de voorzitter, vice-voorzitter, penningmeester en secretaris enkele leden met een specifieke portefeuille. De plannen van het bestuur zijn vastgelegd in het beleidsplan. Het bestuur vergadert zes keer per jaar.
De VVM is inhoudelijk georganiseerd in de vorm van secties: een sectie verenigt een groep leden met gelijke thematische belangstelling. De VVM kent momenteel 21 secties. Iedere sectie heeft een eigen bestuur met als primaire taak invulling te geven aan de doelstellingen van de VVM. In de praktijk gebeurt dit door het organiseren van activiteiten, het bieden van een platform voor discussie en het schrijven van artikelen voor het VVM-tijdschrift Milieu. VVM-leden geven aan van welke sectie zij 'lid' willen zijn. Per e-mail worden deze leden op de hoogte gehouden van de activiteiten. De activiteiten zijn onmisbaar voor de VVM, hier komen de VVM-leden vanuit de eigen beroepspraktijk echt in contact met elkaar en leren ze de vereniging als kennisplatform kennen.
De VVM heeft een professioneel verenigingsbureau, waar parttime een directeur en vijf medewerkers werken (totaal 3,7 fte). Het bureau ondersteunt de secties met technische en organisatorische werkzaamheden bij de voorbereiding en uitvoering van activiteiten. Andere taken zijn het beheer van de financiële en ledenadministratie, het verstrekken van informatie, het onderhoud van de website en het leggen en onderhouden van contacten binnen en buiten de vereniging. Verder speelt het verenigingsbureau een centrale rol bij de ledenwerving en ondersteuning van het bestuur van de VVM.
Voor speciale gelegenheden wordt een projectgroep in het leven geroepen. Zo is er jaarlijks een projectgroep actief voor de organisatie van de Nationale Milieudag.